آبیاری یکی از وظایف اصلی مدیریت گیاهان بونسای است. آبیاری ساده به نظر می رسد، اما آبیاری درست آن آسان نیست. آبیاری باید با توجه به گونه گیاه، تغییرات فصلی، دوره رشد، دوره گلدهی، دوره خواب و شرایط آب و هوایی گیاه انجام شود. تسلط بر زمان و مقدار آبیاری برای رشد گیاهان بسیار مهم است. مرگ برخی از گیاهان بونسای ارتباط مستقیمی با آبیاری نامناسب دارد.

خاک گلدان علاوه بر تامین آب و مواد مغذی برای گیاهان گلدانی، تنفس طبیعی گیاهان را نیز حفظ می کند. هنگامی که خاک گلدان رطوبت کافی داشته باشد، ذرات خاک منبسط می‌شوند و هوای شکاف بین ذرات را فشرده می‌کنند و باعث کمبود هوا در خاک گلدان می‌شوند. هنگامی که خاک گلدان خشک یا نسبتاً خشک است، ذرات خاک کوچک می شود، حجم آن کوچکتر می شود و شکاف بین ذرات دوباره ظاهر می شود. شکاف ها با هوا پر می شوند.

همانطور که خاک بین خشک و مرطوب تغییر می کند، هوا در خاک گلدان نیز به طور مداوم در گردش است و به ریشه های گیاه اجازه تنفس طبیعی می دهد. پس از هر بار آبیاری، ریشه گیاه در مدت زمان کوتاهی قادر به تحمل کمبود اکسیژن در خاک گلدان خواهد بود. با این حال، اگر خاک گلدان برای مدت طولانی خیلی مرطوب باشد و در نتیجه کمبود اکسیژن طولانی مدت ایجاد شود، باعث فرسایش ریشه و سایر بیماری ها می شود. اگر خاک برای مدت طولانی خشک باشد، با وجود اینکه اکسیژن کافی در خاک گلدان وجود دارد، گیاهان نمی توانند برای مدت طولانی آب جذب کنند، که برای رشد گیاهان نیز مضر است و حتی ممکن است باعث مرگ آنها شود. بنابراین در هنگام آبیاری گیاهان بونسای باید اصل "در خشکی به آنها آب ندهید، آنها را کاملاً آبیاری کنید" رعایت شود.

آبیاری ناکافی و کم آبی گیاهان باعث پژمرده شدن و ریزش شاخه ها و پژمرده شدن، زرد شدن و ریزش برگ ها می شود. در مورد گونه های سوزنی برگ، سوزن ها نرم می شوند و احساس قوی و خاردار خود را از دست می دهند. وقتی کمبود آب شدید باشد، قشر شاخه ها مانند غاز کوچک می شود. اگر در تابستان با این وضعیت مواجه شدید، باید بلافاصله گیاه را به مکانی سایه دار منتقل کنید. بعد از پایین آمدن دما ابتدا روی برگ ها آب بپاشید سپس کمی آب داخل گلدان بریزید و بعد از یک ساعت آب را کاملا بریزید.

برای گیاهانی که به شدت کم آبی هستند، حتما به یکباره به اندازه کافی آبیاری نکنید، زیرا زمانی که گیاه به شدت کم آب می شود، قشر ریشه کوچک شده و به آوند چوبی نزدیک است. اگر مقدار زیادی آب به طور ناگهانی تامین شود، سیستم ریشه به دلیل جذب سریع آب منبسط می شود و باعث پارگی قشر و مرگ گیاه می شود، بنابراین نیاز به یک فرآیند سازگاری تدریجی وجود دارد. پس از اینکه گیاهانی که به شدت با کمبود آب مواجه هستند تحت درمان فوق قرار گرفتند، بهتر است چند روز در زیر سایه بان نگهداری شوند و پس از قوی شدن در زیر نور آفتاب کشت شوند. با این حال، بیش از حد آبیاری نکنید. آبیاری بیش از حد علاوه بر اینکه باعث رشد شدید گیاهان می شود و بر شکل درخت و ارزش زینتی تأثیر می گذارد، می تواند به راحتی باعث پوسیدگی ریشه و مرگ شود. گلدان های بونسای مینیاتوری به خاک کمتری نیاز دارند، بنابراین آبیاری در زمان مناسب و به مقدار لازم اهمیت ویژه ای دارد.